肠道菌群与健康的关系已经被广泛接受。研究发现，肥胖等代谢状态密切相关，与自身免疫性疾病的发生也有。研究发现，肠道菌群和一种眼科疾病自身免疫性葡萄膜炎存在关系。主要是因为肠道细菌产生的某种蛋白，这种蛋白能破坏可进入眼睛内的免疫细胞。
波士顿大学医学院的眼免疫学家Andrew Taylor说，他们早就有肠道微生物促进自身免疫性葡萄膜炎发生的想法，但这是*次研究证明确实这一。
美国大约有40万自身免疫性葡萄膜炎患者，这种疾病的特征是作为免疫细胞司令员的T细胞侵入眼睛内葡萄膜中层，并导致局部炎症反应。所有T细胞都是被特定抗原激活，在自身免疫性葡萄膜炎，这些T细胞是被葡萄膜某蛋白激活。健康人也存在T细胞，但这些细胞一般不进入眼睛内攻击葡萄膜。因为眼睛内蛋白质一般不会释放到眼睛外，这些蛋白无法接触到T细胞。但是，肠道内某些细菌可能存在类似的蛋白，这些蛋白可以与T细胞接触并激活这种细胞。
研究是美国眼科研究所免疫学家Rachel Caspi等完成的，他们用基因学技术构建存在能识别葡萄膜蛋白T细胞的小鼠，这种动物可以在断奶后出现自身免疫性葡萄膜炎。如果用四种抗生素将大部分肠道菌杀死，不仅可以延缓这种疾病发生，且病情较轻。无菌动物也存在类似现象。
为证明肠道菌群是刺激T细胞的原因，Caspi等用患病小鼠肠道内容物刺激T细胞，结果发现这种物质能激活T细胞，这种细胞能进入眼睛内。用蛋白酶对肠道内容处理，则这种刺激效应减弱，说明刺激T细胞的主要原因是是肠道内容中蛋白成分。将来自基因修饰动物的T细胞注射给对照组动物，如果这些细胞经过肠道内容处理，则86的动物会发生自身免疫性葡萄膜炎，如果不经过肠道内容处理则不会发展成自身免疫性葡萄膜炎。这一研究今日发表在《免疫学》杂志。研究证明，来自肠道细菌的某种蛋白具有类似眼睛内某蛋白的类似结构，能激活T细胞，导致这些细胞能侵入眼睛导致自身免疫性葡萄膜炎。
阿拉巴马州大学眼免疫学家Russell Read说，这是一个非常严格的研究，增加了我们对自身免疫性葡萄膜炎发生原因的认识。但研究需要回答一个问题，为什么同样有肠道菌群，并不是所有人都会发生自身免疫性葡萄膜炎。波特兰俄勒冈健康与科学大学眼部免疫学家James Rosenbaum认为，可能只有部分肠道内存在这种能激活T细胞的特殊细菌，或者只有部分人因为基因原因T细胞对这类细菌蛋白特别敏感。
Caspi等正在尝试确定这种刺激T细胞的肠道细菌产生的蛋白，但她不主张采用抗生素杀死细菌的方法作为治疗该疾病的方法，因为使用抗生素杀死细菌可能带来严重的菌群紊乱，导致多种代谢紊乱。如果能确定出这种蛋白分子，已经制作这种蛋白的细菌，那么将帮助科学家开发出针对性预防该疾病的方法。