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微生物的致病性是影响生物危害评估zui重要的决定性因素。感染性微生物的危险度等级分类为实验室生物危害评估和确立对待定病原体的生物安全防护水平奠定了基础。一般地，危害度等级高的微生物需要的生物安全防护水平较高。但是，即便是对于同一种微生物，不同的实验操作可能产生的潜在危害是不同的。所以在确定适当的生物安全水平时，除考虑病原体的危害度等级以外，还应考虑其他因素。例如，归入危险度二级的微生物，进行操作处理时通常需要在BSL-2条件下进行。然而，如果特定实验可能产生高浓度的气溶胶时，在BSL-3条件下进行操作则更为恰当。又如，危害度二级的高只病性禽流感病毒和艾滋病病毒培养时要求在BSL-3防护水平实验室进行操作，而对于未经培养的感染性材料则仅要求在BSL-2防护水平实验室进行操作。
微生物的致病性生物危害评估也可能在相关信息不足的情况下进行，这时按照WHO《实验室生物安全手册》第三版中的要求应谨慎地采取一些较为保守的标本处理方法。
1）只要采自病原体的标本，均应当遵循标准防护方法，并采用隔离的防护措施；
2）处理此类标本时zui低需要二级生物安全水平；
3）标本的运送应当遵循国家和/或的相关规定。
生物危害评估不仅有助于确立实验室标准化操作程序，有助于实验室的合理设计与布局，有助于实验设备和安全设备的正确配置与有效使用，而且有助于在工作过程中对于标准操作程序以及实验室设备、设施的配备是否恰当和使用的有效性进行评价与改进。所以，生物危害评估活动应是一个动态的、不断完善的过程。
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