超净工作台从操作人员数上分：分为单人工作台和双人工作台；超净工作台从结构上分：分为常规型和新型推拉以及自循环型（限垂直流）。

超净工作台根据气流的方向分为垂直层流超净工作台（vertical flow clean bench）和水平层流超净工作台（horizontal flow clean bench），垂直流工作台由于风机在顶部所以噪音较大但是风垂直吹，多用在yi药工程这样保证人的身体健康；水平流工作台噪音比较小风向往外所以多用在电子行业，对身体健康影响不大。

超净工作台根据操作结构分为单边操作及双边操作两种。按其用途又可分为普通超净工作台和生物超净工作台。