微孔滤膜及一次性微生物极限过滤器与滤头衔接，确保微孔滤膜无缺。将事前准备好的供试液注入滤杯内，不要操过滤杯刻度。按下“power”键，再翻开相应的阀门，再按下“power”键，完结集菌过滤待供试液悉数过滤完结后，关闭相应的阀门，再按下“power”键，完结集菌过滤。
抽滤前，应确保管道密封性杰出。运用一次性微生物极限过滤器，翻开无菌包装前，先查看包装是否破损。添加供试液时的液体高度不能超过滤杯刻度。微生物极限仪随时留意抽滤瓶状况，液体不能吞没进气口。能够依据实际状况挑选抽滤瓶的容积。若无菌室选用化学剂消毒时，将仪器置密封罩内，或搬出无菌室，避免损坏电子部件腐蚀金属部件。环境温度控制在10℃～30℃。相对湿度≤80%RH无水珠凝聚现象。每次运用完毕后，仪器外表用酒精擦洗。
维护保养操作规程：将过滤器取下，按住取膜设备，用无菌镊子取下微孔滤膜。微孔滤膜菌面朝上，平贴在事前准备好的培养基上，微孔滤膜上不得有气泡（气泡处会影响微生物的成长）。将培养皿转移至规则温度条件下的恒温培养箱中进行培养。微生物极限仪操作完毕后，堵截电源。
主机外表用酒精擦洗洁净。保护及保养仪器有必要有用接地。依据供试品性状来挑选滤膜原料，过滤前后应确保滤膜的完整性。仪器不工作时，断开电源。仪器待机时，将电磁阀关闭，设置为“off”状况。不能抽滤强酸?强碱?强氧化剂?强腐蚀等液体。当供试品中含有不溶性的颗粒，悬浮物时，可能导致滤膜阻塞影响过滤，应将供试液进行预处理，出去颗粒或悬浮物。