饮料生产线的杀菌方法主要有冷杀菌方法两种：
一、冷杀菌方法
化学杀菌是利用化学试剂使蛋白质凝固的干扰变性，酶的活性，抑制细菌的生长和代谢，或破坏膜结构，破坏其生理功能，实现杀菌。有一种常见的化学杀菌方法，使用过氧化氢、环氧乙烷、次氯酸钠等化学杀菌。
果汁冷杀菌分为两大类：物理杀菌和化学杀菌。物理灭菌是利用物理手段，如场效应(包括电场、磁场)、电子、高压、光照等方法，一般单一作用或两种以上的共同作用，在低温或室温下达到灭菌方法的目的。普通物理杀菌技术的脉冲电场杀菌的超高电压、微波杀菌、脉冲强光杀菌、高压静电灭菌、半导体光催化杀菌、辐照杀菌等。
二、热灭菌方法
饮料生产线的灭菌方法一般有巴氏杀菌(长时间低温灭菌法)、在汁热灭菌法、高温和超高温灭菌法。
饮料生产线有良好的杀菌效果方法是热杀菌方法，但高温常常会对果汁质量产生不利影响，如颜色，味道，营养损失等。
