本发明公开了一种菌丝干燥方法，包括以下步骤：（1）将含水75-80%的初始菌丝送入微波热风复合干燥设备的布料仓中，进行机械布料；（2）将布料后的菌丝传送至微波热风复合干燥设备的干燥腔中，利用热风和微波同时进行烘干，同时，用抽湿机将干燥腔中的湿气排出；待烘干至含水率为20-25%时，出料，出料温度为80-90℃；（3）将菌丝送入热风干燥设备的干燥腔中，进行烘干，同时，用抽湿机将干燥腔中的湿气排出；待烘干至含水率为10%以下时，出料，出料温度为60-70℃；（4）将菌丝进行粉碎，筛分分级；（5）对不同级别的物料进行检验、封装，即得干燥后的菌丝成品。该工艺干燥周期短、工序简单、效率高，无污染。