小型喷雾干燥机目前面临的主要问题有四大类：
一、粘壁现象成为*难题
    粘壁现象是妨碍喷雾干燥机正常操作的一个突出问题，富含动物油脂的食品物料往往会沉积在干燥室壁面上。随着时间的流逝，这些食品物料会逐渐演变成为污染源，危害食品健康。粘壁现象的主要原因是喷雾干燥机的壁面温度过高使得产品粘滞，因此将干燥室改成夹层结构，提高冷却效率;采用振动器、气锤等物体对粘壁物进行分离;通过塔壁旋气片切向引入二次空气冷却塔壁;干燥室墙壁抛光底部常采用锥底降低物料停留可能性。
二、体积过大面临放置难题
    体积过大面临着放置区域的限制。随着人们对食品生产条件的重视，不少食品企业都建造了三十万级或十万级的无尘净化车间，但喷雾干燥机由于体积庞大，不能整体都放在洁净区域，不少企业会选择将收集物料的部分放在洁净区，其余部位在别处放置。面对这种情况，需要喷雾干燥设备系统提高密闭性能，防止外部环境污染 。
三、物料控制可向智能化转变
    喷雾干燥机在作业时需要成品的颗粒大小分布、残留水份含量、堆积密度和颗粒形状符合精确的标准，制作出来的颗粒才能得到理想效果。以堆积密度为例，在喷雾干燥过程中，堆密度是食品的重要特性之一，在操作过程中每种措施都要确保达到好的堆密度。影响堆密度有粉料温湿度、进料温度、粒度分布、吸入干燥空气温度、产品排出温度、空气接触方式、 喷雾器型式及在喷雾干燥器中所设置的位置等有关。
四、环保节能问题解决是当务之急
    喷雾干燥虽然在生产过程中没有粉尘困扰，但在产品出产口容易产生粉尘。另外喷雾干燥设备的热效率应用率低是不争的事实，一般进料口温度在70℃～250℃左右是，雾化干燥后出口温度在45℃～100℃，可见还有大半的热能没有被利用起来。