微波花粉灭菌设备是利用了电磁场的热效应和生物效应共同作用的结果。微波对细菌的热效应是使蛋白质变性，使细菌失去营养、繁殖和生存的条件而死亡。微波对细菌的生物效应是微波电场改变细胞膜断面的通透性能，细菌因此营养不良，不能正常新陈代谢，细菌结构功能絮乱，生长发育受到抑制而死亡。此外，决定细菌正常生长和稳定遗传繁殖的核酸（RNA）和脱氧核糖核酸（DNA），是由若干氢键松弛、断裂和重组，从而诱发遗传基因突变，或染色体嘁畸变，甚至断裂。
微波花粉灭菌设备使用准备工作：
检查设备是否有“已清洁”卡，清场合格证，并在有效期内。检查电气开关、电线、接地是否良好。
检查设备状态是否完好,防护装置是否正常的。
检查水、电是否配接完好，所有的门，覆板是否关好。将控制台所有开关置于“关”的位置。
微波花粉灭菌设备采用微波杀菌的优点：
杀菌*：微波的穿透性使表面与内部同时受热，并且热效应和非热效应共同作用，杀菌效果好。
时间短且速度快：微波利用其选择透射作用，使食品内外均匀，迅速升温杀灭细菌。处理时间大大缩短。在强功率密度强度下甚至只要几秒或数十秒即达满意效果。
低温杀菌可保证食品质量：微波杀菌比常规热力杀菌在较低温度、较短的时间内就能获得较好的灭虫杀菌效果，而且无外来物污染，能够保留更多的有效成分，保持原有的色、香、味等。
效率高，节约能源，操控方便：微波可直接使食品内部介质分子产生热效应，微波能可被屏蔽，而且装置本身不被加热，不需传热介质，因此，能量损失少，效率比其他方法高。
