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抗原抗体反应是指抗原与相应抗体之间所发生的特异性结合反应。这种反应既可在机体内进行，也可以在机体外进行。在机体内，当免疫细胞被抗原激活后，由B细胞分化成熟为浆细胞后所合成、分泌的一类能与相应抗原特异性结合的具有免疫功能的球蛋白（immunoglobulin，Ig），激活补体系统从而解除抗原对机体的损伤。
抗原抗体反应的主要特点有：
1、特异性：特定的抗体只能与特定的抗原（肽段/蛋白）结合，这在WB一抗二抗的种属及反应性的选择常用到；
2、比例性：抗原抗体在整个反应中存在一定的量比关系，只有当二者浓度比例适当时才出现可见反应；WB中蛋白上样量和一抗二抗的稀释比例与此有关，实际操作中抗体的量相对较多，这也是为何抗体可以反复使用的原因之一；
3、可逆性：抗原抗体的结合是非共价结合，在一定条件下这种非共价结合是可逆的；因此，同一NC膜/PVDF膜在Stripping（抗体洗脱）以后可以用来检测其他蛋白；
4、阶段性：抗原抗体特异性反应分两阶段，第一阶段反应迅速，第二阶段反应缓慢，两阶段均为特异性结合；WB中抗原抗体结合在室温下，反应1小时结合大约可达95%，2小时大约可达97%以上；反应4-6小时大约可达90%，8小时大约可达95%。
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