微波有热效应的快速升温和非热效应的双重杀菌作用，相比常规热力干燥、杀菌能在比较低的温度和较短的时间就能获得所需的干燥、杀菌效果。一般杀菌温度在65—70。C，75—80。C或103—121。C里，时间在3—8分钟，且能保留更多的食品营养成分和色、香、味、形等风味。例如：采用常规热力处理蔬菜保留的维生素C是46—50%，相比之下，微波处理法能达到保留维生素C的60—90%，常规加热法猪肝维生素A保留值为58%，而微波法加热则可达84%。

节能省电：

微波电能转换效率高，一般在70%以上。微波是直接对食品进行作用处理，加热箱体本身不被加热，因而不存在额外的热能损耗，所以节能省电，一般可节电30—50%。此外，决定细胞正常生长和稳定遗传繁殖的核酸（RNA）和脱氧核糖核酸（DNA）是由若干氢键紧密连接而成的卷曲型大分子，足够强的微波可以导致氢键松弛、断裂和重组，从而诱发遗传基因突变或染色体畸变。 生物效应在杀菌中起到了常规物理杀菌所没有的特殊作用。