在洁净管道系统中，阀门也有特殊的要求，要尽量避免死水产生。在众多阀门中，常用的是隔膜阀由于其特殊的设计，管道内介质100%不会与垫片外其他管件接触，实现了良好的洁净环境，因此在制药行业中的应用广泛。

在隔膜阀的安装过程中同样要考虑到阀门的自排功能，也就是要保证一定阀门安装角度。洁净管道的管道粗糙度。管道内部的粗糙度在制药用不锈管道中也扮演着十分重要的地位。首先如果管道内壁粗糙度很高，很有可能会在管道的凸凹处出现死水的现象。此凸凹处也因此很有可能成为细菌的栖息地，严重的话，可能会有生物膜的产生以致污染到产品或者制药用水。其次，不光滑的不锈钢管道内壁也很有可能导致管道内壁的腐蚀。因为管道内壁凸凹处静止的水中很有可能会有一定浓度的氯离子存在，氯离子的存在会跟不锈钢的铬元素发生反应。而这一反应会大大加速不锈钢的腐蚀，降低此处的不锈钢腐蚀电位。

在设计的过程中，需要确定相应的工艺以保证管道内壁的粗糙度。制药用水或者产品的管道接触表面采用机械抛光或者电抛光工艺以确保管道内壁的光洁。

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