过氧化氢发生器整个灭菌工艺分为5个阶段：除湿、预热、调节、灭菌、排残，具体阶段如下：
(1)除湿阶段
通过洁净室空调系统，将室内环境的相对湿度降低至生物去污需要的湿度范围；相对湿度≤55%RH，然后关闭空调系统；
(2)预热阶段
设备通过对对自身管路进行预热处理，以保证汽化过氧化氢气体在管路中不至于遇冷冷凝，使气体充分汽化；
(3)调节阶段
将过氧化氢溶液注入汽化器汽化成过氧化氢蒸汽，并通过风机输入到密闭空间内，直至达到预期的浓度；
(4)灭菌阶段
自动调节加药量，继续输入过氧化氢蒸汽，并保持预期的浓度；
(5)排残阶段
停止输入过氧化氢蒸汽，设备自动进入过氧化氢除残阶段，对设备管道进行除残，通过设备的除残系统及灭菌空间的通风系统进行进一步的排残，直至过氧化氢浓度达到安全浓度以下。
