过氧化氢灭菌器的原理是因具有氧化还原作用而具有杀菌效果，特别对厌氧芽孢杆菌的杀灭效果好。过氧化氢的作用原理是通过复杂的化学反应解离具有高活性的羟基，用于攻击细胞的成分，包括破坏细胞膜、脂类、蛋白质和DNA。通过 “闪蒸” 将液态H2O2转化为过氧化氢干雾，此过程可在常温常湿的环境下有效进行，不需要进行除湿等特别的预处理。过氧化氢干雾被均匀地引入密闭空间，其内表面*暴露于过氧化氢干雾中，形成约1 μm的过氧化氢膜，附着在可能寄居了微生物的表面，微生物自身会作为核心被形成的微冷凝所包裹，并迅速在此过程中被杀灭。
过氧化氢灭菌器主要有以下特点：
(1)消毒灭菌可以在室温条件下进行；
(2)消毒周期短，过氧化氢干雾的消毒周期只需5～7 h，而蒸汽消毒周期为8～10 h，环氧乙烷气体消毒灭菌周期为12～18 h；
(3)过氧化氢干雾消毒灭菌对操作人员无危害，对环境无污染，其终残留物为水和氧气；
(4)蒸汽灭菌使腔室产生很大的压差变化，长期反复受压、抽真空，会缩短设备的使用寿命，而采用过氧化氢干雾灭菌，因压力、温度条件的改善，使设备的运行寿命和维修周期得以延长；
(5)长期使用蒸汽灭菌，湿热气体易破坏腔体内表面的不锈钢钝化膜，而过氧化氢干雾灭菌则很少损害腔体内表面的不锈钢钝化膜；
(6)采用移动式(带脚轮)的过氧化氢干雾(VHP)发生器，能对多台设备配套灭菌，减少设备的初投资费用；
(7)过氧化氢干雾菌的工艺重复性好，较易通过验证测试；
(8)对过滤器HEPA的穿透性好(玻璃纤维)；
(9)对于其他物品无影响，如装置、电器、洁净室墙板等。
