过氧化氢传递窗主要用于洁净室与非洁净室之间的物品传递。
在制药行业，它可以对制药工具、原材料和包装材料等进行传递。由于制药过程对环境洁净度要求高，过氧化氢传递窗在传递过程中可以利用过氧化氢的强氧化性进行消毒灭菌。例如，在传递用于生产无菌药品的容器时，传递窗通过喷雾或者汽化过氧化氢的方式，能有效杀灭容器表面可能携带的细菌、真菌和病毒等微生物，确保进入洁净生产区的物品达到无菌要求，从而保障药品的质量和安全性。

在医疗实验机构，像生物实验室、病理检验室等，它用于传递实验样本、精密仪器等。当实验样本从污染区向洁净的检测区传递时，过氧化氢传递窗能够防止外部污染物进入洁净区，同时对样本本身进行消毒，避免交叉污染，为实验结果的准确性提供保障。
在电子半导体生产车间，过氧化氢传递窗对传递的电子元件、精密模具等进行清洁和消毒。这些产品对微粒和微生物极为敏感，传递窗的消毒功能有助于维持车间的高洁净度，提高电子产品的良品率。