立式超声波洗瓶机可分为两部分，一部分为超声波洗瓶，另一部分采用喷淋洗瓶，其中超声波洗瓶是在进瓶过程中完成的，输送带在将瓶子送到水箱水位上方时，注水箱将瓶子注满水，利用超声波的微振动对瓶子进行初洗。喷淋洗瓶时瓶子跟随机械手回转，起初为正立状态翻转，下方喷针跟踪插入瓶中进行喷淋冲洗冲洗，之后将瓶回归为正立状态，整套机械手动作，由一对内啮合齿轮翻转凸轮及夹开闭凸轮联合完成。喷针跟踪由摆动机构完成，还可根据瓶子高低调整喷针高度此动作有高度调整机构完成。
该机可以一次清洗300个或更多的培养皿，1000只以上的试管，或者几十个容量瓶。考虑到实验室的玻璃器皿有不同的结构、尺寸和容量，如果能够将玻璃器皿进行适当的分类，选配合适的装置支架，这样才能够很大程度的发挥自动清洗机的强大的清洗能力。
开机后，由输送带输送瓶到进瓶螺杆前面的喷淋箱，从喷淋箱喷出的循环水把瓶充满然后，经过超声波震动粗洗使附着在瓶上的大颗粒杂质脱落。在超声波粗洗后进入连续旋转的变距螺杆，通过螺杆的间隔传送定位准确地把待清洗的瓶子送到提升架，上然后由提升架把瓶子送入机械手夹爪上。翻转凸轮使夹爪机械手翻转180°后瓶子处于倒立状态而后进入清洗工位在第二、第五第六工位分别有相应介质对瓶同时进行外表面清洗。
立式超声波洗瓶机清洗时环形喷针架先提升使喷针插入瓶内，然后环形喷针架跟随大转鼓同步转动进行喷淋，转到一定角度后清洗完毕，环形喷针架先回降使喷针退出瓶，然后返回到初始位置开始下一个循环动作。清洗好的瓶经过夹爪机械手，再次翻转180°后瓶子就回归为正立状态，再经过夹开闭凸轮控制机械手松瓶，松瓶的同时送至拨瓶盘由拨瓶盘把瓶子输出。
如果残留物中含有遇热会凝固的蛋白质，使用自动清洗机时需要特别的小心，需要在室温下先将蛋白质清洗干净，然后再加热清洗。但仍然存在蛋白质凝固后粘附在设备内表面或器件表面的可能性，清理起来非常麻烦。类似的情况还有非常粘附的聚合物等。在这种情况下，适当的预处理可能是必须的。于是，可以采用浸泡前处理设备及星叶化工清洗剂进行浸泡。
