药用级化学性质晶体的结构单元是平面三角形的“BO3"。硼原子采用sp2杂化，其中氧原子除以共价键与一个硼原子结合外，还通过共价键和氢键与另外两个氢原子结合，成为片状大分子。因氢键结合力小，故受热后大分子遭破坏，溶解度增加。是一元酸，酸性极弱(Ka＝5.8×10-10)，与硅酸相似(K1＝2×10-10)，在水中电离时不是失去质子，而是与水中的OH-根结合：H3BO3+2H2O-->(H3O+)+B(OH)4-,这与硼化合物缺电子结构特点有关，中硼原子可作为电子对接受体与一个OH-根结合，OH-根中氧离子是电子对给予体，是典型的路易斯酸。当中加入甘油(丙三醇)或甘露醇[CH2(OH)(CHOH)4CH2OH]时，其酸性增强，这是因为与甘油结合生成配阴离子后，将H+推到外界，易于电离：

药用级化学性质是三氧化二硼溶于水生成的结晶化合物，属无机酸，主要有四H2B4O7(又称焦)，偏(HBO2)n与正H3BO3(也称为原)。其中正含水量最多，稳定。正也简称，外观为白色粉末状结晶或三斜轴面的鳞片状结晶体，有光泽。有轻微的苦涩味。与皮肤接触有滑腻感。无臭味，溶于水、乙醇、甘油、醚类及香精油中，水溶液呈现弱酸性，正加热至70-100℃时逐渐脱水成偏，150℃-160℃时成焦，300℃时成酐(B2O3)。对人体有毒。在水中的溶解度：0℃时2.77、10℃时3.65、20℃时4.87、25℃时5.74、30℃时6.77、40℃时8.90、50℃时11.39、60℃时14.89、80℃时23.54、100℃时38.00。水溶液呈弱酸性是典型的路易斯酸，在有盐酸、柠檬酸或酒石酸存在时，可促进在水中的溶解度。故可用重结晶法提纯。

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