真空系统的作用是排出从冷阱中抽出的不可凝性气体和空气,以建立能保持制品升华速率的真空度。高真空度有效地降低了水蒸气气流的阻力,同时在干燥过程中由于没有空气的存在,也就避免了氧化作真空冷冻干燥时，冷阱内的压强，不是越低越好，而是要控制在一定的范围之内。压强低当然有利于产品内冰的升华。但由于压强太低时对传热不利，产品不易获得热量，升华速率反而降低。

　　当压强太高时，产品内冰的升华速率减慢，于是产品自身的温度上升，当高于一定程度时，产品将发生熔化，造成冻干失败。

　　使用真空冷冻干燥机时,必须对仪器各部件进行*的清洁，不锈钢的部件使用乙醇进行清洗，有机玻璃使用盐水进行清洗。安瓿瓶用超声波清洗机进行清洗。

　　冷冻干燥之前必须要进行预冻，欲动需要准备低温冰箱，零下40摄氏度，或者是零下80摄氏度的低温冰箱，把准备干燥的物品置于低温冰箱或液氮中，一般需要四个小时左右，可以直接从外面进行观察到，物品*冰冻结实后，才可进行冷冻干燥的实验，把物品迅速移动到真空冷冻干燥机托盘之内，以保证冷冻干燥效果。

　　真空泵运转前必须检查是否加入真空泵油，否则不能正常运行。油面不得低于油镜的中线，真空泵刚开始时使用时有比较强烈的抖动，慢慢的会变的平稳。