1、菌种是指食用菌菌丝体及其生长基质组成的繁殖材料。菌种分为母种(一级种)、原种(二级种)和栽培种(三级种)三级。工业发酵的有用菌种，其筛选步骤包括菌种分离、初筛和复筛。

2、挑选具有某种能力的有用菌种，也称种子制备，是指菌种在一定条件下，经过扩大培养成为具有一定数量和质量的纯生产菌种的制备过程。以作接入发酵罐中进一步扩大菌体量及合成产物之用。

3、种子制备包括孢子制备和菌丝体制备(见图) 菌种制备 ，其中(1)~(4)为孢子制备过程。

4、保存在沙土管或冷冻管中的生产菌种，用无菌手续挑取少许，接入琼脂斜面培养基上，在25℃(或较高温度)下培养5~7天(或较长时间。所得孢子还需进一步用较大表面积的固体培养基以获得更多孢子(对于霉菌类孢子制备，多数采用大米、小米之类的天然培养基)。

5、将培养成熟的斜面孢子制成悬浮液，接种到扁瓶固体培养基上，于25~28℃培养14天。将成熟的扁瓶孢子于真空中抽干，使水分降至10%以下，并放入 4℃冰箱中备用。一次制得的孢子瓶可在生产上延续使用半年左右。

6、放线菌孢子的培养基大多是采用麸皮或豌豆浸出液、无机盐与琼脂制成的。将斜面孢子接入扩大的扁瓶孢子培养基中,于28~37℃培养5~14天。所获得的大量孢子可直接作为种子罐(6)的种子。

7、如果有些生产菌种不产孢子，如赤霉素产生菌或产孢子不多的，则可采用摇瓶(5)液体培养制得菌丝体，作种子罐的种子。种子罐的目的是使接入有限的孢子或菌丝体迅速发芽、生长、繁殖成大量菌体。其中的培养基组分应是易于被菌体利用的碳源(如葡萄糖)和氮源(如玉米浆)，及无机盐(如磷酸盐)等。作为发酵罐(7)的种子应生命力旺盛、染色深、菌丝粗壮，无杂菌及异常菌体。接种量一般在10%~20%。