二级生物安全柜的作用就是有效地降低实验室获得性感染的机会，减少人与样品或样品与样品之间交叉污染的机会，用于保护操作人员，保护实验室环境，保护实验材料的生物安全。
在临床实验室，操作感染性标本时或作病原体分离培养、制备菌种时会因为样品的振荡、摇动、倾注、搅拌、移液等操作或液体的洒落，产生肉眼看不见的气溶胶或产生直径为5～100肿的液滴，这些微粒中含有活的致病微生物，可以被操作者吸入或污染工作台面上的其他样品。
准备工作
1.在开始工作以前，要清除生物安全柜内表面的污染。
2.将所有必需的物品置于安全柜内，以尽可能减少双臂进出前面开口的次数。物品放置要注意以下几点：
①二级生物安全柜台面前面和后面的进气格栅不能被物品阻挡。
②所有物品应尽可能地放在工作台后部靠近工作台边缘的位置，并使其在操作中不会阻挡后部格栅。
③可产生气溶胶的设备(如：混匀器、离心机等)应靠近安全柜的后部放置。有生物危害性的废弃物袋、盛放废弃吸管的盘子等体积较大的物品，应该放在安全柜内的某一侧。
④洁净的物品应放置在距离产生气溶胶器皿至少15 cm外，降低交叉污染的可能性。
⑤容易受紫外线损伤的实验样本可以在紫外线杀菌后的实验之前放入。
⑥不要在工作区内排放过多的物品。
3.关闭操作前窗，打开紫外灯，对工作台面，侧壁表面以及后壁内侧进行杀菌处理。
4.稍微打开操作前窗，让工作区排气几分钟之后再开始工作。
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