气相色谱质谱仪实现多种任何进样模式自动切换，提升实验效率和自动化程度，全新设计带来超高灵敏度和耐用性，将气相色谱仪和质谱仪联合起来使用的仪器。质谱法可以进行有效的定性分析，但对复杂有机化合物的分析就显得无能为力；而色谱法对有机化合物是一种有效的分离分析方法，适合于进行有机化合物的定量分析，但定性分析则比较困难。
这两者的有效结合必将为化学家及生物化学家提供一个进行复杂有机化合物高效的定性、定量分析工具，将气相色谱仪和质谱仪联合起来使用的仪器，对于气化或经衍生等手段处理后易于气化的有机物，经气相色谱将各组分分离后，进行定性、定量。
气相色谱质谱仪主要用于可挥发性有机化合物等组分的分析，它的广泛应用归功于其对复杂样品的高效分离，谱图鉴定及定量测定，是化工、食品、环境检测的常用设备之一，设备在检测重现性、可靠性，以及检测灵敏度和耐用性方面达到复杂样品的检测需求，主要用于室内环境、空气净化器等的挥发性有机化合物（VOC）的检测。
对一些特殊的化合物进行检测，气相色谱仪的选择性检测器有其特别的功能，不受复杂基质的干扰，但难以用同一检测器同时检测多类不同的化合物，而不受基质的干扰，采用色质联用中的提取离子色谱、选择离子检测等技术可降低化学噪声的影响，分离出总离子图上尚未分离的色谱峰。
将待测样品分离后直接导入质谱进行检测，满足了质谱分析对样品单一性的要求，又省去样品制备、转移的繁琐过程，不仅避免了样品受污染，对质谱进样量还能有效控制，也减少了质谱仪的污染，提高了对混合物分离、定性定量效率。
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