微波加热具有下列许多与众不同的优势特点：
加热速度快。由于微波加热基本上是里外一起整体（太厚的物体除外），除非电磁波渗透不进去，或渗透深度不够，这种加热方法与热风、燃气、蒸汽、电热、远红外等加热方法相比，速度要快得多，通常为数倍至数十倍甚至更高。
加热效率高，省电节能。由于微波加热是电磁波直接与物料分子相互作用的结果，而不像常规热辐射或热传导的方法会使一部分热能无为地浪费掉，微波在空气中传播时的损耗是很小的（在短距离内），能量损耗主要集中于物料体积内，加上微波功率转换效率高，因此可节省电能消耗，提高经济效益。
加热均匀。微波加热原理决定了物料的温升过程与常规方法不同，后者的温度分布是外热内冷；而微波加热方法会使里外温差保持相当低的水平，有时甚至会产生内部温度高于表面温度的情况。因此从总体上来说，微波加热产生的温度要均匀得多。
加热过程的即时控制性。微波加热控制起来非常迅速方便，具有即时性。换句话说，打开微波设备的电开关，微波立即产生并开始对物料加热，*没有其他加热方法那样具有热惯性。当将微波电源关闭后，微波立即消失，加热过程立即停止。这在很多加热应用时非常有用，也是用其他方法加热无法做到的。
提高产量、质量和档次。由于微波加热时物体表面温度不会太高，不会产生过热、结壳或焦化现象，这对一些物体表面外形或颜色要求较高的应用场合非常有利。
微波的物（理）化（学）效应。微波加热时会产生一定的物化效应，因此，目前除了直接利用热效应去作为加热、脱水、干燥、回原、煮白、灭菌、消毒、固色等应用外，还利用这种*的物化效应去作为膨化、蛋白质变性、化学萃取、消解、淀粉胶化等物化领域中的应用。
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