常见的水果、蔬菜、糙米、菇类、药食同源中药等都可以做为微生物酵素发酵的原料。微生物酵素生产工艺的特点是：为了防止杂菌生长和产生酒精，可加入酿造米醋及比较高浓度的异麦芽糖蔗糖或红糖等；发酵周期比较长，一般为几个月至 2年等。也有采用二次发酵工艺，即经过后熟工艺 得到微生物酵素产品。产品形式有液状、膏状、粉状及固体颗粒等。
生产流程：
选材 -> 清洗 -> 干燥 -> 裁切 -> 发酵 -> 鳌合 -> 品管控制 -> 填充包装 -> 出仓
生产工艺：
水果酵素采用传统工艺发酵，发酵过程分三个阶段: 酵母菌发酵、醋酸菌发酵和乳酸菌发酵。
阶段：酵母菌发酵——酵母菌发酵阶段将大分子分解成小分子，把淀粉分解成二氧化碳和酒精，也叫糖化作用。
第二阶段：醋酸菌发酵——醋酸菌发酵阶段将酒精分解掉，这个阶段也叫醋化作用。
第三阶段：乳酸菌发酵——乳酸菌发酵阶段乳酸在反応作用下产生益生菌，这个阶段也叫熟成作用。
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