食品真空微波杀菌机具有热效应和非热效应双重杀菌作用，加上紫微光波杀菌作用，从而达到杀菌的目的。食品真空微波杀菌机热效应杀菌机理的简述是：细胞是由水、蛋白质、碳水化合物、脂肪和有机物等复杂化合物构成的一种凝聚态介质。该介质在强微波场的作用下，温度升高。其空间结构发生变化或破坏，蛋白质变性，影响其溶解度、粘度、膨胀性、稳定性，从而失去生物活性。非热效应杀菌机理的简述是：食品真空微波杀菌机作用能改变生物性排列聚合状态及其运动规律，而且微波场感应的离子流，会影响细胞膜附近的电荷分布，导致膜的屏障作用受到损伤，影响NA—K泵的功能。产生膜功能障碍，从而干扰或破细胞的正常新陈代谢功能，导致细菌生长抑制、停止或死亡。再则细胞中的（RAN）和脱氧（DAN）在微波场力作用下可导致氢键的松弛、断裂或重组。食品真空微波杀菌机诱导基因突变或染色体畸变，从而影响其活性的改变，延缓或中断细胞的稳定遗传和增殖。紫微光波管辐射强度超过8uW/cm2(距灯管表面1米处)、臭氧浓度达到38mg/m3(30分钟、动态平衡状态下)。食品真空微波杀菌机由于D波段紫外线辐射空气而产生的单一臭氧区别于高压放电所产生的臭氧（同时产生极其有害的氮氧化合物），所以能产生地道臭氧同时又有直接杀菌的紫外线灯管正在讯速取代传统臭氧发生器。
简单地说真空微波杀菌机是微波热效应和非热效应共同作用的结果。微波的热效应主要起快速升温杀菌作用：而非热效应则使用微生物体内蛋白质和生理活性物质发生变异，而丧失活力或死亡。因此，微波杀菌温度低于常规方法，一般比较，常规方法杀菌温度要在100-120度以上，时间要在十几分钟至几十分钟，而微波杀菌温度只在70至90度，时间约为几分钟（例如：豆制品细菌总数6-7万左右，经过微波杀菌以后细菌总数只有6千以下，大肠菌群小于30，时间十五分钟左右达到食品杀菌的要求）。
通过真空微波杀菌机处理的食品的保质期可延长3~8倍，不破坏原有的营养成份、色泽、口感和天然风味。与其它干燥、杀菌、解冻设备相比，可缩小占地面积、降低能耗30%~99%。而且不生产“三废”污染。
真空微波杀菌机的特点：
时间短、速度快、常规热力干燥是通过热传导，对流等方式将热量从食品表面传至内部。要达到干燥温度，往往需要较长时间。通常微波波能1KW就能除去0.9～1KG的水份。（以48KW微波能设备为例，一次装料180KG，去除90%水份，4个小时内即可完成干燥），而冻干干燥时间通常一炉普遍在18H以上。
加热均匀：由于微波加热，是从内到外对物料进行同时加热，物料的内外温差很小。
食品真空微波杀菌机不会产生常规加热中出现的内外加热不一致的状况，从而产生膨化的效果，利于粉碎，使干燥质量*提高。
易控：便于连续生产及实现自动化，由于微波功率可调整及无惯性的特点，易于即时控制，可以在20℃-100℃之间任意调节温度。标准配置可记忆8组不同参数，加工参数一键式调用，正常使用只需按启动即可。
备体积小；安装维修方便
食品真空微波杀菌机产品质量好，经济效益显示，与常规方法相比，所加工的产品，效率。质量有效大幅度的提高。与冻干方法相比，实际品质相差无几，设备及运行成本只占冻干一半。产品安全卫生，保质期长。
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