生物安全实验室建设与规划至少应遵从以下原则：
科学合理的原则
传染性和致病性再强的病原微生物，只要它不和人体接触，感染就不会发生。
1．屏障原理
把病原体围场在一定空间范围内，使之避免暴露在开放的环境中，操作者间接对其操作(如手套、机械手等)，在围场内接触的空气和水体经过处理后排放。在实验室内使用的生物安全柜，实验室设施均属此类。
2．过滤原理
在围场(包括安全柜和实验室)内接触的空气均视为污染的有害物质，把实验室内空气经过HEPA滤器过滤后或其他净化后排放，以保护环境。
3．消毒灭菌原理
实验室污染区和半污染区的一切物品，包括空气、水体和所有的表面(仪器)等均被视为污染有危害的。所以都要对其消毒处理，特别是对实验后的废液，器材和手套务必严格处理。废液废物在拿出实验室之前务必灭菌。在实验完成后撤离实验室过程中每一步要用有效消毒把好关，以防有害因子的泄漏。
4．个人防护原理
由于屏障的作用不可能是可靠，万一操作中有所疏漏也是很危险的，所以要按要求做好个人防护。个人防护要适宜、科学。建议个人防护分三级。一级防护用于BSL-1和BSI．-2，二级防护用于BSI．-3，三级防护用于BSL-4。
安全的原则
安全是修造实验室的直接目的，建造中一切不利安全的设计都应取缔，一切与生物安全有冲突的参数设计都应服从安全的要求。例如：净化要求要服从安全，使用方便服从安全，节约服从安全，人性化服从安全。
软件在先的原则
修造实验室前做好对拟从事的病原微生物和研究内容的危险评估，一定要有科学、合理的总体构思和概念设计。在此基础上要根据操作过程的梗概进行平面布局工艺设计，然后再进行空调通风和电控等的具体设计。
管理严格的原则
一定要按照发布的《病原微生物实验室生物安全管理条例》进行管理。这个条例对致病微生物的管理原则是：病原微生物是分类管理，实验室是分级管理。
远离病原的原则
修建实验室是为了研究致病微生物和高致病微生物，必要的实验必须在实验室内进行。但是，非必要的时候尽可能少接触病原体或少进实验室。例如，能在半污染区做的不进污染区；能在清洁区做的不进半污染区；进实验室2人能完成不用3人；无关人员不进实验室。使用实验室后应及时净化处理和灭菌，不要存留污物。不用的需要保存的菌(毒)液应送到保藏机构保存。
预防为主的原则
从事病原微生物实验活动，对实验室感染应采取预防为主的原则，要把握三个环节，即：
1．实验室要使用经过生物和物理的检测并且合格的安全柜、排风过滤器和高压蒸汽灭菌器，确保达到零泄漏。
2．通过对实验过程的安全监测，发现问题要及时采取预防和改进措施。
3．发现有实验室感染的征兆，要及时采取隔离治疗措施，以防止出现二代病例。
使用方便的原则
实验室建设在保证安全的前提下，应考虑工作过程中活动合理方便的问题。所以在制定方案时应该征求使用人的意见。
厉行节约的原则
在保证安全的前提下，应提倡节约的原则。保证安全的尺度是国标(GBl9489—2004)。安全性能要可靠，一切都要严格，讲究实质，功能齐全，合乎要求，但不求豪华。
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