制备合格的纯化水进入纯化水储罐，经输送泵送至各用水点后循环回储罐，在运行过程中通过液位、温度、电导、流速等检测元件对水质和运行方式进行自动化控制。
系统包含纯化水储罐、卫生级离心泵、卫生级热换器、隔膜阀门、呼吸器、现场显示控制系统、以及各类仪表。
1）纯化水由制备设备制出，并通过管路循环系统输送至纯化水缓冲罐。
2）纯化水储存和循环温度为常温。
3）纯化水循环系统安装带有变频控制的循环卫生泵，根据回罐前的流量计信号，调整泵的输出，保证管路流速达到要求。
4）通过回罐以前的在线的电导率仪对纯化水电导率进行检测，如果纯化水电导率值大于要求值，仪表发出信号给PLC，PLC发出警报信号，同时控制打开在线的气动隔膜阀，将不合格水排放。如果连续一段时间检测电导率值大于要求，系统自动停机，并发出警报信号，提示操作人员进行检查。
5）热换器前管路安装温度表和温度传感器，供管路进行巴氏灭菌时的温度控制。
6）纯化水储罐内装有液位计，并设定和最小液位参数。当液位大于值，罐顶进水阀关闭。当液位小于最小值，输送泵关闭。
7）通过安装在回罐前的在线流量计，对变频泵进行控制，以保证管路内纯化水的流速不低于流速1m/s。
8）在灭菌过程中，管路和罐内的温度、压力、流量、以及电导率都会被控制系统记录下来。
9）该系统拥有一套电器控制系统（1套PLC），将控制面板直接安装在储存及分配系统支架上的不锈钢控制柜内，内含电器设备、PLC＆OIT。该控制系统便于操作人员对设备的操作、监测和控制。操作人员界面终端（OIT）是一个监测面板，可对设备的操作参数进行显示。报警、行动、灭菌步骤、工艺设定点和工艺数值均在OIT上显示。
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