微波杀菌是利用了电磁场的热效应和生物效应共同作用的结果。微波对细菌的热效应是使蛋白质变性，使细菌失去营养、繁殖和生存的条件而死亡。微波对细菌的生物效应是微波电场改变细菌细胞膜断面的电位分布、影响细胞膜周围电子和离子浓度，从而改变细胞膜通透性能，细菌因此营养不良，不能正常新陈代谢。细菌结构功能紊乱，生长发育受到抑制而死亡。
微波灭菌机有4个重要的特性，一方面它是低温杀菌，是生物能与热能共同作用，能同时对被杀菌物料表面实施整体杀菌，较大地缩短杀菌周期，并保证杀菌工艺的一致性，这样一来，同样杀菌温度下，微波杀菌时间短，相同杀菌条件下，菌致死的温度低；
另一方面，它还是一种物理杀菌，在杀菌的过程中，不会对食品残留毒性或放射性物质的污染，安全无害。”
改善劳动条件，节省占地面积
设备的工作环境低、噪音小，较大地改善了劳动条件，整套微波设备的操作只需2-3人。
时间短、速度快
常规热力杀菌是通过热传导，对流或辐射等方式将热量从食品表面传至内部，要达到杀菌温度，往往需要较长时间。微波杀菌是微波能与食品及其细菌等微生物直接相互作用，热效应与非热效应共同作用，达到快速升温杀菌目的，处理时间大大缩短，各种物料的杀菌作用一般在3-5分钟。
