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海藻糖是由两个α-葡萄糖单元之间通过1,1-糖苷键形成的双糖。 它在自然界中以二糖的形式存在，在某些聚合物中也以单体形式存在。 存在另外两种异构体，α,β-海藻糖（也称为新海藻糖）和 β,β-海藻糖（也称为异海藻糖）。 尚未从活生物体中分离出新海藻糖。 异海藻糖也尚未从活生物体中分离出来，但在淀粉氢化物中被发现。

海藻糖的两个葡萄糖分子构型为六元环的吡喃葡萄糖构型，通过α-1,1糖苷键连接。

由于两个葡萄糖分子可以形成α-吡喃葡萄糖和β-吡喃葡萄糖，通过α-1,1糖苷键连接可以得到三种异构体：海藻糖（α，α）、异海藻糖（β，β）和新海藻糖（α，β）。基本信息栏中的信息均为海藻糖（α，α）的相关数据

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