灭菌是指用物理或化学的方法，杀死物体表面和孔隙内的一切微生物或生物体，即把所有生命的物质全部杀死。常用的灭菌方法可分为物理的和化学的两类：物理方法如干热（烘烧和灼烧）、湿热（常压或高压蒸煮）、射线处理（超声波、微波）、过滤、清洗和大量无菌水冲洗等措施。化学方法是使用甲醛、过氧化氢、高锰酸钾、次氯酸钠、抗菌素、酒精化学药品处理等。

微生物检查培养基常用的灭菌方法主要是湿热灭菌和过滤除菌。

1、湿热灭菌：

蒸汽在冷凝时释放出大量潜能，并且蒸汽具有强大穿透力，蒸汽的湿热破坏菌体蛋白质和核酸的化学键，使酶失活，微生物因代谢障碍而死亡。湿热灭菌的效果，取决于致死温度和致死时间。致死温度是杀灭微生物的极限温度。致死时间是在致死温度下杀灭全部微生物所需时间。

高压蒸汽灭菌适合于耐高温培养基、接种器械和蒸馏水的灭菌。培养基分装后应立即灭菌，应在当天内完成灭菌工作，不可过夜。消毒时间不宜过长，也不能超过规定的压力范围，否则有机物质就会在高温下分解，失去营养作用，也会使培养基变质、变色，甚至难以凝固。

培养基配制后，应按验证过的高压灭菌程序灭菌。2015版《中国药典》第三次公示稿，1106 非无菌产品微生物限度检查：控制菌检查法中，列出部分培养基的灭菌条件，如下表所示：

其他未明确标示灭菌方法的培养基，按供应商标签所示灭菌方法灭菌或按验证过的高压灭菌程序灭菌。

2、过滤除菌：

一些抗生素及有机物等，遇热容易分解，不能与培养基一起进行高温灭菌，而要使用细菌过滤器滤去其中的杂菌，例如含抗生素的沙氏葡萄糖琼脂培养基。过滤后的溶液要立即加入培养基中，若为液体培养基，可在培养基冷却至30℃时加入；若为固体培养基，必须在培养基凝固之前（50-60℃）加入，振荡使溶液与其他成分混合均匀。