微波是一种电磁波，能产生高频电磁场。电介质材料由极性分子和非极性分子组成。在电磁场的作用下，极性分子根据电场的极性从原来的随机分布状态变为取向状态。在高频电磁场的作用下，分子运动并相互摩擦，从而产生能量，使微波真空干燥箱介质的温度不断升高。因为电磁场的频率高，极性分子振动的频率很高，所以产生的热量很高。
微波真空干燥箱应用于食品工业时，食品中的极性分子(水分子)在高频电磁场的作用下吸收微波能量产生热量，使食品快速加热干燥。
在一定的介质分压下，水和一般的湿介质对应一定的饱和温度。真空度越大，湿物料中所含的水或湿介质对应的饱和温度越低，即沸点温度越低，越容易蒸发逸出，从而使物料干燥。真空干燥就是基于这种热物理特性，在真空条件下，通过真空泵的抽吸作用，除去不凝性气体，如低压水蒸气和气相中的空气等含量较少的气体。
在真空干燥中，物料的脱水依靠热传导将外界热量传递给被干燥的物料，但在低压环境下，对流传热速度慢，阻碍了真空干燥箱的优势。
微波真空干燥箱利用介质加热原理，依靠高频电磁振荡引发分子运动，使被加热物体升温。加热方式不同于传统的对流、传导和辐射。微波直接加热物体，打破了传热的限制因素。微波真空结合了微波干燥和真空干燥，充分发挥了各自的优势。
在一定的真空度下，水分扩散速度加快，物料可以低温干燥，很好的保持了物料的营养成分。微波可以为真空干燥提供热源，克服了真空状态下导热速度慢的缺点，从而大大缩短了干燥时间，提高了生产效率。
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