在进行摇瓶机试验前，首先检查摇瓶机各部件，检查气源、电源、管路、压力表、密封等是否正常，特别强调的是摇瓶机做为精度，高科技的仪器，摇瓶机每个过程都由精准的程序控制，所以要求实验人员在操作前必须对摇瓶机的各个按钮，流程熟练掌握，详细阅读摇瓶机说明书，及实验室仪器安全操作规程。掌握了摇瓶机的基本操作要领后，逐步按以下步骤进行摇瓶机细菌培养试验：

 
第一步：摇瓶机复苏：根据所培养的细菌选择适宜的培养基，大部分细菌在lb培养基中在超净工作台先用1毫升左右的适宜的培养基溶解冷冻菌，然后转移到10毫升中试管（放入4毫升液体培养基）中，一般在37摄氏度摇床静止或低转速培养12小时或者过夜（温度取决于所培养的细菌适宜生长的温度）。
 
第二步：摇瓶机平板划线培养：在平板（琼脂+液体培养基）划线，放37摄氏度培养箱培养箱中倒置培养6小时~12小时，在平板上观察是否形成了单菌落.
 
第三步：摇瓶机挑单菌落：在超净台中挑选典型单菌落，置入10毫升中试管（内有5毫升液体培养基）中，在37摄氏度摇床，转速200转培养12小时或者过夜，肉眼能看到试管浑浊。
 
第四步：摇瓶机按照1：20的比例将中试管中的菌液移到250毫升三角瓶（放入100毫升液体培养基），培养条件同前。注意：所有的接种操作均需要在层流罩中，培养基应无菌。

以上四步，摇瓶机是一般细菌培养都会涉及到的步骤，有些操作人员在实际摇瓶机试验过程中有时会省略复苏这一环节，直接拿烧热的接种环挑些菌液冰水，在平板上划线培养，等长出菌落后，选取合适的菌落摇瓶机培养。另外，要提醒大家的是：（1）摇瓶机是摇转方式进行混合搅拌，而发酵罐是直接机械搅拌;（2）摇瓶机发酵罐可以取样或者仪表时时检测，但是摇瓶机因为量小不能方便的进行控制和检测。