离子交换层析填料广泛应用于蛋白质、核酸、多肽等生物大分子的高效分离纯化，该层析介质以高交联聚丙烯酸酯或聚苯乙烯/二乙烯基苯聚合物为基质，采用了的均粒聚合物微球制备技术和微球修饰技术，有高度粒径均一性和精确的孔结构，使其具备分辨率高、刚性强、耐酸碱、反压低、耐高温、使用寿命长及非特异性吸附低等特点。
离子交换层析填料在实际的使用中还需要注意以下几个方面：
1.上样前需将样品置换到平衡缓冲液中，在样品体积相对柱体积来说较大时，这一点尤其重要；
2.柱子载量和要达到的分辨率决定上样量。如果想达到好的分辨率，建议上样量为柱子载量的30%；
3.实际载量受样品大小和形状的影响，同时填料孔径，流速，样品浓度，pH/蛋白带电性、离子强度等均会影响载量；
4.添加合适的去垢剂：添加离子型去垢剂时，应避免加入的去垢剂与填料配基结合而影响填料的结合载量。
离子交换层析填料基质是由带有电荷的树脂或纤维素组成。带有正电荷的称之阴离子交换树脂；而带有负电荷的称之阳离子树脂。离子交换层析同样可以用于蛋白质的分离纯化。由于蛋白质也有等电点，当蛋白质处于不同的pH条件下，其带电状况也不同。阴离子交换基质结合带有负电荷的蛋白质，所以这类蛋白质被留在柱子上，然后通过提高洗脱液中的盐浓度等措施，将吸附在柱子上的蛋白质洗脱下来。结合较弱的蛋白质首先被洗脱下来。反之阳离子交换基质结合带有正电荷的蛋白质，结合的蛋白可以通过逐步增加洗脱液中的盐浓度或是提高洗脱液的pH值洗脱下来。
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