Orbitrap高分辨质谱仪可区分相同质量数的不同离子。乙烯，氮气和一氧化碳离子的质量数同为28，但质量亏损导致三者的准确质量有细微差异。仪器分辨率达到2300（半高峰宽）时，可以区分出乙烯，但氮气和一氧化碳仍然不能区分；而当采用更高的分辨率5000时，即可区分三者。
目前广泛使用的用于蛋白质鉴定的质谱分析主要使用两种类型质谱：一种是MALDI－TOF直接对分子量进行测量；另一种是使用ESI－MS高分辨率质谱分析电喷雾得到的多电荷信号，然后对信号进行去卷积分析，获得准确分子量数值。
普通质谱和高分辨质谱的区别，直观一点可以说是：能够将测得离子质量数，准确到小数点后两位和后六位的区别。高分辨质谱能够将分子量相差很小的两种物质进行区分，从而准确推断分子元素。厉害的高分辨质谱甚至可以取代部分元素分析。
这两种方法各有其优点及适用的领域。同时配备了这两种质谱分析系统，可用于各类蛋白质样品分子量测定，满足包括肽指纹图谱分析及蛋白质鉴定在内的多种蛋白质分子量分析需求。
进入质谱之前的反相色谱分离过程中连接了紫外检测器，在实现对样品分离的同时，还会对样品的纯度进行评估；色谱分离的过程也降低了在准确分子量检测过程中对样品纯度的要求。
Orbitrap高分辨质谱利用软件对质谱原始数据进行分析时，可以根据TIC（总离子流图）分别对样品中的主要成分和次要成分的分子量进行选择和分析。然后对上述原始数据进行去卷积处理，得到该蛋白样品中主要成分的准确分子质量。
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