清洁设备部件
设备的清洁是保证工作过程中无交叉污染的条件之一。因此，在次使用冷冻干燥机时，业内表示，对设备的各部件进行的清洁。
不同的部件清洗条件也有所不同。例如，不锈钢的部件需要使用乙醇进行清洗，有机玻璃需要使用生理盐水进行清洗，而安瓿瓶用超声波清洗机进行清洗。
预冻准备
冷冻干燥之前要进行预冻，预冻需要准备零下40℃，或者是零下80℃的低温冰箱，把准备干燥的物品置于低温冰箱或液氮中，一般需要四个小时左右，这个过程可以直接从设备的外部观察到。当物品冰冻结实后，才可进行冷冻干燥的实验，把物品迅速移动到冷冻干燥机托盘之内，以保证冷冻干燥效果。
检查设备的气密性
冷冻干燥机与真空泵之间由绿色的真空管连接，连接处使用国际标准卡箍。这种卡箍为了有效防止空气的泄漏，在卡箍内特被设计了一只密封橡胶圈。在防止漏气的方法上，建议涂抹适量真空脂在橡胶圈上，再用卡箍卡紧，能使连接处更紧密的贴合在一起。
如果没有卡紧卡箍，就会造成空气泄漏，导致在抽取真空的时候仪表盘显示数显值大于20pa，此时应该检查真空泵以及冷冻干燥机玻璃罩的气密性。
如果气密性不好，应该在冷阱上方的密封橡胶圈涂抹一些真空脂，将有机玻璃罩轻旋在橡胶圈上，在打开真空泵测试其气密性。以确保气封闭的完整。
真空泵运转前检查真空泵油
冷冻干燥机主机的右侧板上设有两个电源插座，一个将真空泵的电源线连接上主机，再将第二个冷冻干燥机上的总电源插上电源。
在真空泵运转前，检查是否加入真空泵油，否则不能正常运行。油面不得低于油镜的中线，真空泵刚开始时使用时有比较强烈的抖动，慢慢的会变的平稳。
擦干冷阱
除了以上的“预热”准备以外，业内表示，在设备作前须注意清除冷阱室内的水分，必要时擦干冷阱。每次进行冷冻干燥工作前先开排水阀。
另外，在使用过程中切勿频繁开关，如因操作失误造成制冷机停止运转，不能立即启动，至少等20分钟后方可再次启动，以免损坏制冷机。冷冻干燥后，冷阱盘管上的冰会化成水，可以用毛巾清除干净，冻干结束旋开“充气阀”向冷阱充气时要慢，以免冲坏真空计。
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