（一）数量少、成分复杂，综台利用率低
化学原料药物生产规模通常较小，排出的“三废”一般数量不大。由于化学合成的特殊性，反应多而复杂，副产物较多，有的副产物这结构也搞不清楚，故“三废”的综合治理很不容易。
（二）种类多、变动性大
制药工业对环境的污染主要来自于原料药的生产。化学原料药的生产具有反应多且复杂。工艺路线较长的特点，而且所用化工原料及捕料的种类之多是其他工业所少见的。同时出于新技术、新材料的出现，旧的生产路线的工艺改革，又使生产工艺变动较多，致使“三废”的种类、成分、数量也经常随之发生变化。所以，制药厂往往较难建成一个综合性的回收中心。
（三）间歇排放
制药广大多采用分批间歇式的生产方式，“三废”的排放属于间歇式排放。间歇排放是一种短时内高浓度的集中排放，而且污染物的排放量、浓度、瞬时差异都缺乏规律性，它给环境带来的危害要比连续排放严重得多；且间歇排放也给“三废”处理带来不少困难，如生化处理法要求流入废水的水质、水量比较均匀，若变动过大，会抑制微生物的生长而显著降低处理的效果。
（四）化学耗量高、pH值变化大
制药厂排出的“三废”以有机污染物为主，污染物结构复杂。其中有些有机质能被微生物降解，而有些有机质则难被微生物降解。所以，有些废水的化学耗氧量（COD）很高，但生化需氧量（BOD）却不高。通常，在废水的生化处理前，应进行生物可降解性试验，以确定废水能否用生物法进行处理。对于那些浓度大而又不易被生物氧化的废水要另行处理（如萃取、焚烧等），否则经生物处理后，出水中的化学耗氧量值仍然高于排放标准。此外，化学制药厂排出的废水酸碱性差异较大（呈酸性者居多），对水生生物、建筑物和农作物部有极大的危害。因此，在生物处理或徘放之前必须进行中和处理，以免影响处理效果或者造成环境污染。
