微波萃取机在进行萃取时常受到的影响因素： 萃取溶剂一通常是以“相似相溶”方式进行选择。
萃取温度一不高于溶剂沸点。
萃取时间一累计辐射时间对提高萃取效率只是在刚开始是有利，经过一段时间后萃取效率不再增加，因此每次辐射时间不宜过长。
溶液的PH-溶液的pH值也会对微波萃取的效率产生一定的影响，针对不同的萃取样品，溶液有一个最佳的用于萃取的酸碱度。
微波萃取机高效性主要来源于哪些方面：
1．微波与被分离物质的直接作用。由于微波具有穿透能力，因而可以直接与样品中有关物质分子或分子中的某个基团作用，被微波作用的分子或基团，很快与整个样品基体或其大分子上的周围环境分离开，从而使分离速度加快并提高萃取率。这种微波与被分离物质的特殊作用，可以称为微波的激活作用。
2．应用密闭容器，使微波萃取可在比溶剂沸点高得多得温度下进行，从而显著地提高微波萃取的速率。由于在高的温度和压力下化学反应速率比在常温和低压下高得多，因此，密闭容器带来的高温非常明显地提高了微波萃取的萃取率并减少了制样所需的时间。
3．微波萃取使用极性溶剂比用非极性溶剂更有利，因为极性溶剂吸收微波能，从而提高溶剂的活性，使溶剂和样品间的相互作用更有效。研究表明萃取溶剂的电导率和介电常数大时，在微波萃取中显著提高萃取率。不过，近来的研究表明，采用吸收微波的材料做成搅拌子可克服此缺陷。
