在反渗透水处理系统中反渗透膜的微生物污染在各种膜污染中是zui严重的。它具有发展迅速，形成的生物膜难于*清除等特点，易堵塞膜，导致反渗透系统进出水间压差迅速增大，产水量与脱盐率快速下降，可能污染产品水，甚至损坏膜。

可以通过监测浓水细菌总数(TBC)值的变化和给水的总有机碳(TOC)值来对微生物污染进行预测，并可以通过燃烧污染物来简易判断是否是微生物污染。

要加强对地下水作为原水时预处理消毒杀菌的重视，防止在RO装置中出现微生物污染。

对微生物污染的防治除常规方法外，还可以采用氧化性和非氧化性杀菌剂定期、交替冲击性、大剂量杀菌。严格控制给水中的有机物含量(以总有机碳TOC表示不超过2mg/L)，抑制细菌的生长繁殖。对于活性炭处理工艺,只要调整好反洗频率及更换频次,也可以防止微生物污染。

防止微生物污染的方法通常是采取有效的杀菌处理措施，有紫外线照射等常规方法，控制重点是选取合适的杀菌剂，足够长的接触时间。对于氯类杀菌剂，投加量一般以进水余氯含量>1mg/L为准，根据不同的反渗透膜控制合适的残余氯量。另外还可以采用氧化性和非氧化性杀菌剂(如Na2S2O5、NaHSO350mg/L，异噻唑啉酮15-25mg/L)定期、交替冲击性、大剂量杀菌，可杀灭系统中大部分微生物，甚至可以穿透粘附于系统中的生物粘泥膜，起到杀灭、剥离作用。再就是严格控制给水中的有机物含量(以总有机碳TOC表示不超过2mg/L)，抑制细菌的生长繁殖。同时注意监测反渗透系统各环节的水中细菌总数(TBC)以便有效的预防，当发现有徽生物污染的症状时(压差升高10%，产水量降低10%)应及时采取清洗措施(包括对预处理系统和RO系统的清洗)，以免污染加重。